镇机关驻吴村，此地自古至今，为曲阜城北重镇，农历一、六为集，是本地政治、经济、文化中心。
清至1930年间全县为3乡16社，此地属吴村社。
1930年9月，全县设5区92乡。
全镇境内的村分别属第二区和第三区。
1946年，全县为9区，此镇为4区。
1948年全县设10区，仍为4区。
1958年3月撤区，为吴村、峪口乡。
1958年9月成立吴村人民公社，1986年改称吴村镇至今。
2020年行政村建制优化后辖20个村委会。