原为牟平县第六区、第八区辖地。
1941年，隶属牟海行政公署第六区。
1942年，改为第十区。
1945年，名崖子区。
同年，西部马石店等23村化为归牙前县，设马石区。
1950年7月，复称第十区。
1951年，区下设10乡。
同年，第十五区5乡并入。
1955年9月，复称崖子区。
1956年，原15乡合并为崖子、崮头、凤凰崖、北果子四乡。
1957年7月，撤区，4乡直接属县。
1958年7月-9月，崮头，凤凰崖、北果子3乡相继并入崖子乡，成立崖子人民公社，12月，乳山县建制撤销，划归烟台市。
1960年3月，改属牟平县。
1961年10月，重设乳山县后，复归乳山县。
1969年7月，析17村置马石店人民公社。
1984年3月，置崖子镇。
2001年5月将马石店镇撤销，并入崖子镇至今。