1929年属莒县第八区和第一区；1938年8月，中共莒县县委在小店岳家沟村建立，仍属第八区。
1945年属青山区和垛庄区。
1947年，青山、垛庄两区合并为第四区。
1958年3月，北部为石井乡，南部为小店乡；9月,成立先锋公社。
1959年2月，改称小店公社。
1963年2月，将李官庄、山头渊、崮西等13个村划入，改称小店区。
1971年，称小店公社。
1984年，改称小店乡。
1993年4月，小店、金墩同时撤乡，合并为小店镇。