双堠镇境大部分原为沂水所辖.1939年解放时，称菜峪乡。
1941年，将菜峪乡分为崖子、盆泉两个区，盆泉区归费东县，崖子区归沂南县。
1945年，费东县撤销建制，盆泉区划归沂南县。
1956年2月，县界调整将垛庄区和崖子区东河、营后、泉桥、梭庄四个乡划给蒙阴县，同时在原崖子区的基础上又从青驼区划入部分村庄成立了双堠区。
1958年秋，成立双堠公社，同年11月，沂南县撤销建制，双堠公社划归蒙阴县。
1961年8月沂南县恢复，又划回沂南。
1963年5月，双堠公社改称双堠区，同时把县界调整时划归蒙阴的营后、东河、梭庄三个乡划回双堠区。
1968年8月，改称双堠公社。
1985年9月，区划进行再次调整，撤销原双堠区，建立双堠乡，乡驻地在双堠。
1997年12月，经山东省民政厅批准，撤乡设镇。
2000年1月，全县区划调整后，与原南石门乡合并，镇驻地仍在双堠，并沿用至今。