1943年前，马站属沂水县第七区辖地。
1942年8月，为沂北行署第七区。
1945年9月，沂北行署改称沂北县，为沂北县辖区。
1949年8月，沂北和莒沂县合并为莒沂县，为莒沂县马站区（也称二区）。
1953年8月，莒沂县撤销，划归沂水县十七区。
1955年10月，改称马站区。
1958年3月，建立马站乡；9月，成立马站公社。
1963年3月，复称马站区。
1971年4月，更名为马站人民公社。
1984年4月，改称马站区，1985年9月，撤区设镇至今。