宋建炎元年，高境镇隶属浙西路平江府昆山县。
宋嘉定十年，昆山县析出东部建嘉定县，隶属浙西路平江府嘉定县。
元、明二代仍属嘉定县。
清雍正三年，嘉定县析出东半境设宝山县，隶属江苏省太沧州宝山县依仁乡。
宣统二年，属江苏省苏松太道太仓州宝山县江湾乡。
1927年，划归上海特别市第二十二区。
1937年11月12日，上海沦陷于日寇，隶属日伪“上海大道市政府第二十二区”。
1938年4月，隶属日伪“督办上海市政公署第二十二区”，10月隶属日伪“上海特别市中心区”。
1945年8月，复归上海市第二十二区。
1947年1月，隶属上海市江湾区。
解放后，1950年属上海市江湾区；1952年10月，江湾、新市二区合并为江湾区，隶属江湾区；1956年上海市北郊区成立，隶属北郊区。
1958年宝山县划归上海市，属宝山县；1959年为江湾人民公社，1984年政社分开，改设为江湾乡；1988年宝山县与吴淞区合并为宝山区，隶属上海市宝山区；1993年撤乡建镇，更名为高境镇。
镇域面积20.75平方公里。
1984年，镇南、镇北，纪念、奎照、胜利等5个村全部及高境、江杨、民主3个村部分土地分别划人杨浦、虹口、闸北三区，生产管理和行政关系仍属高境镇。
1997年9月，宝山区人民政府撤消镇6个村民委员会建制，使用至今。