原堡镇镇地处崇明岛中部偏东南沿，西距县城27千米。
民国十八年（1929年）置堡镇镇，民国三十四年（1945年）改为区，1949年6月复为镇，该镇分南北堡镇；1950年10月经中央政务院批准，南北堡镇合并，成立堡镇镇，为县属镇；原堡镇乡位于县境中部偏东南沿，堡镇镇从南向北横穿堡镇乡中间，将其为东西两部，故有东西两半乡之称。
1957年10月由原地几个小乡合并成立堡镇乡；1958年10月成立堡镇人民公社；1984年3月成立堡镇乡人民政府，辖18个村、3个专业场（即良种场、副业场、畜牧场）、1个苗圃、204个村民小组；1992年底下辖17个村委会。
原五滧乡位于县境东部南沿。
民国初年此地是箔沙乡的一部分，抗战时期分为四滧、五滧两乡，抗战胜利后将原四滧乡、五滧乡合并为登瀛乡；1950年3月分拆为东新乡、新西乡；1952年8月又分拆为五滧乡、东新乡、四滧乡、新西乡；1956年1月四乡合并为五滧乡、四滧乡；1957年9月二乡合并为五滧乡；1958年9月成立五四人民公社，同年12月与合兴人民公社合并成立五滧人民公社，翌年4月又同合兴分开，仍称五滧人民公社；1984年春成立五滧乡人民政府。
1992年底下辖12个居委会、2个村委会。
1993年7月原堡镇乡与堡镇镇撤并成立新的堡镇镇；1994年11月新渔乡堡镇港渔民村划归堡镇镇；1995年7月五滧乡四滧港渔民村划归堡镇镇；2000年12月由堡镇镇与五滧乡撤并成立新的堡镇。
名称使用至今。