崇明区目前由崇明岛、长兴岛、横沙岛等三岛组成，三岛陆域总面积1411平方公里。
崇明岛，为我国第三大岛。崇明岛位于西太平洋沿岸中国海岸线的中点地区，地处中国最大河流长江入海口，是全世界最大的河口冲积岛，也是中国仅次于台湾岛、海南岛的第三大岛屿，有“长江门户、东海瀛洲”之称。全岛三面环江，一面临海，西接滚滚长江，东濒浩瀚东海，南与浦东新区、宝山区及江苏省太仓市隔水相望，北与江苏省海门市、启东市一衣带水。全岛面积1267平方公里，东西长80公里，南北宽13至18公里。岛上地势平坦，无山岗丘陵，西北部和中部稍高，西南部和东部略低。90%以上的土地标高（以吴淞标高0米为参照）在3.21米至4.20米之间。岛屿地理位置在东经121°09′30〃至121°54′00〃，北纬31°27′00〃至31°51′15〃，地处北亚热带，气候温和湿润，年平均气温15.2℃，日照充足，雨水充沛，四季分明。岛上水土洁净，空气清新，生态环境优良，居民平均寿命76.7岁。长兴岛，面积88平方公里，南沿有深水岸线近20公里，一般水深-12米至-16米，最深处-22米，可停靠30万吨级轮船。横沙岛，总面积56平方公里。
建制沿革
崇明岛成陆已有1300多年历史。公元618年（唐朝武德元年），长江口外海面上东沙西沙两岛开始出露。以后许多沙洲时东时西、忽南忽北涨坍变化，至明末清初，始连成一个崇明大岛。公元696年（唐朝万岁通天元年）初，始有人在岛上居住。公元705年（唐朝神龙元年），在西沙设镇，取名为崇明（“崇”为高，“明”为海阔天空，“崇明”意为高出水面而又平坦宽阔的明净平地）。公元1222年（南宋嘉定十五年）设天赐盐场，隶通州。公元1277年（元朝至元十四年）升为崇明州，隶扬州路。公元1396年（明朝洪武二年）由州为县，先隶扬州路，后隶苏州府，兼隶太仓州。民国时期，先后隶属江苏南通、松江。解放后，隶属江苏南通专区。1958年12月1日起改隶上海市，目前是上海十九个区县中唯一的县。
长兴岛成陆于咸丰年间，横沙岛自1886年围垦、迁居至今已有120年左右历史。自2005年5月18日起，经上海市人民0报请国务院批准，原属上海市宝山区的长兴、横沙两个乡行政区划，成建制划入崇明县。