清嘉庆十一年（1806），因赈灾设吴家行、新庙2厂。
宣统元年（1909）改称吴巷乡、新庙乡。
1914年2乡合并称嘉定县第十六乡。
1946年称吴巷乡、新庙乡。
1949年5月新庙、吴巷2乡隶属嘉定县第四乡镇联合办事处。
同年10月置华亭乡，隶属徐行区。
1957年由护民、永明、华亭、新泾、泽塘、安薪等6个小乡合并，称华亭乡。
1958年与徐行乡合建徐行人民公社。
1959年析北部原华亭乡区域成立华亭人民公社。
1983年复名华亭乡。
1993年3月，“撤乡建镇”成立华亭镇。
2001年7月，区划调整“撤两建一”，撤销华亭、唐行镇建制，建立新的华亭镇，地名沿用至今。