2003年9月，经上海市人民政府批准成立，是上海市九大市级工业区之一。
2005年3月，经上海市人民政府【2005】22号文批准，撤消亭林、朱行、松隐三镇建制，建立新的亭林镇。
经金山区人民政府【2005】44号文决定：金山工业区管理委员会对原朱行镇区域行使行政管理职能。
2010年4月，区委区政府批准成立金山工业区社区管理中心，主要行使社区管理行政职能。
园区开发建设工作由新金山工业投资发展有限公司负责。
至2011年5月，金山工业区下辖欢兴、红光、立新、运河、高楼、合兴、胥浦、保卫、新街9个行政村和朱行、恒信、桥湾3个居委会。
原朱行镇，Y7清光绪元年（1875年），有朱姓在此开设米行，以米兴市，遂成集镇。
“朱家行”米行名闻乡里，后简称朱行。
唐天宝十年（751年）建华亭县，朱行地区属华亭县云间乡。
民国3年（1914年），改华亭县为松江县，朱行属松江县亭林区管辖，民国35年（1946年），朱行地区为三泾乡、南浦乡。
民国37年（1948年）并为朱行乡（含三泾乡全部和南浦乡部分）。
1949年5月13日朱行地区解放，建朱行、胥浦、横泾、欢庵、新街5个乡。
1957年撤区并乡，并胥浦、横泾、欢庵及新街乡部分为朱行乡。
1958年10月1日，建朱行“五一”人民公社，翌年3月改为朱行人民公社，下辖20个生产大队，148个生产队。
1966年10月，朱行公社从松江县划归金山县。
1984年3月，政社分设，恢复朱行乡建制。
1993年5月撤朱行乡建朱行镇。
1997年5月撤县建区，朱行镇隶属金山区，下辖19个村1个居委会。
2002年7月，原19个行政村合并为9个村，208个村民小组合并为101个村民小组。
2005年3月，经上海市人民政府【2005】22号文批准，撤消亭林、朱行、松隐三镇建制，建立新的亭林镇。
又经金山区人民政府【2005】44号文决定：金山工业区管理委员会对原朱行镇区域行使行政管理职能。
使用至今。