金山卫镇原为金卫乡，位于金山县南部滨海，处沿海地带。
明初为沿海海防要地。
清代属胥浦乡六保和仙山乡七保。
清雍正四年至乾隆二十四年（1726～1759）设县治于金山卫城，隶松江府。
自该年至乾隆年间，乾隆三十三年至嘉庆元年（1768-1796），金山卫城先后二度作金山县治，时达60年。
1913年置卫城乡；1929年属第八区（金卫），1935年改称第六区，1945年为金卫区，1946年撤区，翌年并卫城、滨海、大石和肇基（部分）乡境，成立金卫镇；1949年10月设金卫区；1950年隶张堰区，1957年撤区，并西门、大石、新扶、典浦乡为金卫乡；1958年转为金卫人民公社；1966年划入山阳公社的农建、金卫生产大队。
1984年恢复金卫乡建制；1993年5月撤乡建镇，复称金山卫镇。
原钱圩镇原为钱圩乡，因清初有钱氏富翁建豪宅，置房产形成集镇，因周围环水，故名钱家圩，乡随集镇名。
清代是胥浦乡六保地；1913年属张堰市；1927年设钱圩乡，先后属六区、四区（张堰区）管辖；1946年划入甪里乡3个保、肇基乡8个保；1948年撤销钱圩乡，分属金卫、廊下乡；1949年2月恢复钱圩乡，1957年7月并八字、刘堰、钱圩3个小乡建钱圩乡；1958年9月转为人民公社；1984年3月改为钱圩乡；1993年9月撤乡建镇，成立钱圩镇。
2001年3月原金山卫镇与钱圩镇撤并为新的金山卫镇，名称使用至今。