古名璜溪，宋代起逐渐形成集镇，清初属华亭县，顺治十三年（1656）为娄县境，雍正四年（1726）隶金山县，属胥浦乡四保、五保，1913年建吕巷乡，（1929年设吕巷区，1948年改为镇建制，1949年解放后设吕巷区，1957年撤区析为廊下、吕巷两乡，1958年改为吕巷人民公社，1984年恢复乡建制，1986年改为县属镇建制，为吕巷镇。
1997年金山县撤县建区，吕巷镇属金山区。
2005年原干巷、吕巷两镇撤并成立新的吕巷镇，名称使用至今。