唐天宝年间，建华亭县，亭林地区隶属华亭县。
此后历宋、元、明、清亭林地区均属华亭县云间乡。
1912年为华亭县亭林市。
1914年改华亭县为松江县。
1929年为松江区十二（亭林）区。
解放前夕属浦南区管辖。
1949年5月建立松江县第三乡镇联合办事处，隶属松江县，是年11月建亭林区人民政府。
1957年撤区并乡，亭林镇为县直辖镇，农村地区建亭新乡。
1958年撤亭新乡成立亭新人民公社。
1966年10月划归金山县，隶金山县。
1984年恢复亭新乡建制。
1993年12月撤亭林镇、亭新乡建制，建立新的亭林镇（简称“撤二建一”），实行镇管村体制，其行政区域按原乡、镇管辖范围不变。
2004年辖9个村、4个居委会。
2005年3月金山区调整镇级行政区划，撤销亭林镇、松隐镇、朱行镇，建立新的亭林镇，区域面积由47.38平方公里调整为122.27平方公里。
同月经金山区人民政府（通知）沪府（2005）22号文批准，朱行镇建制撤销，经研究决定金山工业区管委会对原朱行镇区域行使行政管理职能，新亭林镇仅对原亭林镇、松隐镇区域行使行政管理职能，名称使用至今。