清雍正四年(1726)建南汇县,大团地区隶属于江苏省松江府南汇县。
宣统三年(1911)建大团乡,1929年置大团镇。
1934至1949年属南汇县第八区公所,后属南汇县第六乡镇联合办事处,改名为大团区政府。
1956年,大团镇为南汇县属镇。
1958年末,南汇县隶属上海市。
1958年9月建立大团公社,1984年2月,撤销公社建制,建立大团乡。
1994年4月,撤销大团镇、大团乡建制,组建大团镇,实行镇管村体制;2003年5月,原大团镇、三墩镇建制撤销,建立新的大团镇。
2009年4月,撤销南汇区建制,并入浦东新区,大团镇隶属上海市浦东新区。
2010年10月1日,大团镇人民政府驻地从永春东路10号迁至南芦公路899号。