该村汉代隶属底店亭，唐代时归底店里管辖，宋代设底店乡（足500户以上），元代仍为底店里；明代归永平底店里管辖，清代底店村是彬州5乡9里221村之一；民国二十二年1933年，改乡、里为联保保甲制；民国二十九年1940，撤联保，实行乡镇保甲制，底店保又是全县11乡镇67保之一；1949年7月24日，彬县人民政府成立仍为区，乡建制；1958年8月，设立底店人民公社，村名对应为底店生产大队；1984年5月，政社分设，恢复乡、镇建制，恢复村名为底店村；2014年由水口镇管辖，成立底店村村民委员会。