南堡子村自古以来就属周、秦、汉、唐、宋、元、明、清管辖；五代十国前期属岐；公元955年属后周，公元960年属北宋；公元1127-1234年属金；1958年8月建立南堡子生大队，同时设立大队党支部，隶属义门人民公社；同年10月划归北极人民公社；1961年5月改归水帘人民公社；同年8月后隶属南玉子人民公社管辖；1984年政社分设，设立南堡子村村民委员会；2002年11月因撤乡并镇，归义门镇人民政府管辖。