相传，该村建于唐。
皇甫村属于片村，最早由碾湾、皇甫（郭家什字）、兴隆坊（冯家堡）、高家堡、罗家湾、三牌坊（关老门）等6个自然村片组成，在宋代已经相互连接，统名皇甫村。
村有銮驾、牌凤、皇台三社。
明设皇甫、常宁二里。
清皇甫村属金滹沱社。
清末，皇甫村辖老牌坊、郭家什字、碾湾、兴盛坊等4个村。
1965年上半年，将兴盛坊分出，皇甫村由郭家什字、关老门、碾湾片村组成。
2016年7月，在全区撤并调整行政村中，将兴盛村、罗家湾村并入皇甫村。
村委会设在皇甫村中心郭家什字。
皇甫村名一直沿用至今。
2020年11月获长安区文明村荣誉。
2022年12月获长安区撤县设区20周年突出贡献先进集体。