明朝万历十一年（1583年）复置长武县时，马屋村归属亭口里管辖，沿袭至民国初年，随历史演变，曾划归进贤里管辖，民国末年又归属亭口乡公所管辖。
解放后，长武县改设五区，马屋仍复归东区亭口管辖。
1956年，原属该村的“马屋宝盖”划归二厂管辖，该村的山顶、园子沟、朱家岭划归下孟管辖，并成立了“三丰”农业合作社，马屋村所含现有的三个村民小组则称为“禾丰”农业合作社，归属冉店乡管辖。
1958年人民公社化时，马屋村改为生产大队，编为第三、四生产队，扩编了上孟沟口为第一生产队，下孟村沟口为第二生产队，归冉店生产管理区所管辖。
1959年归长武人民公社管辖，1961年归冉店人民公社管辖，1981年，在原来第三生产队的基础上将第三生产组及第二生产组一部分编为第五生产队，归属未变。
1984年，马屋大队第一、二生产队分别单列成立了上河村、下河村，第三、四、五生产队合编成立了马屋村村民委员会，归冉店乡人民政府管辖。
2011年，撤乡并镇，归亭口镇人民政府管辖。
2015年下河村合并至马屋村。
2017年，下孟村合并至马屋村，归亭口镇人民政府管辖至今。