1949年属磻溪区磻溪乡、清溪区清溪乡；1958年为虢镇公社磻溪管理区、清溪管理区；1961年设磻溪公社、清溪公社；1966年更名五星公社、工农公社；1970年复名磻溪公社、清溪公社；1984年改磻溪乡、清溪乡；1997年，磻溪乡改为磻溪镇；2001年12月，撤销清溪乡并入磻溪镇，辖31个村民委员会。
2005年10月，撤销上河村，并入杨家店村；撤销雪山洞村，并入潘家湾村。
2018年4月，撤销张上塬、张下塬两村，合并成立张家塬村；撤销上站、下站两村，合并成立新站村；撤销景家崖、磻河两村，合并成立磻溪河村；撤销三明、二郎庙和胥家沟三村，合并成立三合村；撤销段家塬、唐家塬和马尾河三村，合并成立三联村；撤销闫家坪和张家岭村，合并成立闫张村；撤销斜坡和小寨两村，合并成立新并村；撤销小村村，并入潘家湾村。
2018年末，全镇辖凤鸣、张家塬、新站、磻溪河、三合、闫张、三联、新并、潘家湾、韩家塬、双基堡、党家堡、杨家店、刘家山、小庵、祁家沟、任家山、姜家塬等18个行政村。