古称废邱关，清同治元年（1862年）改称留凤关，原属留坝县辖。
1956年，设榆林铺乡。
1958年9月，成立红专公社。
1959年1月，凤县、留坝合并，成立南星公社。
1960年，两县分设，南星公社归属凤县，辖13生产大队，59个生产队。
1966年9月，改称红旗公社。
1970年6月，恢复南星公社。
1984年3月，改为南星乡，辖11个行政村，53个村民小组。
1997年6月，撤南星乡设留凤关镇。
2001年12月，留凤关镇、瓦房坝乡合并改设南星镇。
2007年11月，撤销水磨、海津沟村并入榆林铺村，撤销南星、白岩河村并入连云寺村，撤销田坝子、油坊嘴村并入长坪村，撤销7个村，合并19个村民小组。
2011年7月，撤销南星镇、三岔镇、温江寺乡，合并设留凤关镇。