据史料记载，祖庵街道是夏王启伐有扈氏“大战于甘”的地方。
座落于甘水中上游，上古时称“甘野”。
据文献记载：夏禹死后，其子启继王位。
这种废“禅位”而父传子的王位继承方式，引起了争夺王位的激烈斗争。
同姓邦国有扈氏起兵反对。
前2086年，夏王启率领军队西进，越崤山，滨黄河，经桃林，过华山北麓抵达有扈氏国，双方大战于甘。
有扈氏败，沦为“牧竖”（即放牧奴隶）。
又《尚书甘誓》云：“甘，地名，有扈氏国之南郊也。
启与有扈大战于甘之野”。
《周至县志》“甘野图”注：“甘在户县西南。
而户即古扈”。
《夏书》大战于甘即此，“甘野在县东50里，即古有扈氏国之南郊。
夏启立，有扈不服，大战于甘，召六乡、作甘誓。
今邑中甘谷水出处，曰甘河，即其地。”甘峪口望仙坪古有夏王庙。
古镇商代为郝国。
郝国系商之诸候国。
据《陕西地理沿革》记载：“商帝乙之弟期封于郝，即今之祖庵街道辖之郝村。”今郝村存有一古石桩，刻有“古郝国”字样。
又有庙碑记载：“今之郝村即古号为郝国是也”。
晋、唐年间，古镇归户县管辖。
宋大观元年（1107年），设置终南县，辖于终南县。
宋、金时期，祖庵街道境属宋、金、元反复争夺的地区。
其间虽战乱频仍，但因有东西甘河之水利，农业、手工业发展较快，形成集市贸易，故改刘蒋村为双溪镇。
金正隆年间，咸阳人王重阳来此，筑穴建庵修道，创立全真教。
后全真教得到金、元朝庭的认可与支持而大兴。
王重阳被尊为祖师，其弟子马丹阳、丘处机于此重建祖师之庵，（亦称“祖庭”、“祖堂”）四方称为祖庵。
双溪镇亦因之改称祖庵镇，已有800余年。
元至元八年（1271年），撤销终南县建置，划归周至县辖。
1949年后，为周至第七区。
1958年，划归户县，设祖庵公社，辖6个管理区、75大队。
1961年，调整政区，辖24大队。
1984年，改设祖庵镇。
2021年1月8日，西安市鄠邑区人民政府同意撤销祖庵镇，设立祖庵街道，以原祖庵镇的行政区域为祖庵街道的行政区域。