1949年至1953年1月隶属岐山县桃川区高码头乡管辖。
1953年2月正式划归太白中心区，隶属桃川区高码头乡管辖；1958年改为高码头生产大队，属高码头人民公社管辖，1966年更名红林大队革委会，1970年复名高码头生产大队；1980年12月撤销大队革委会，改建为大队管委会。
1984年5月撤社建乡，组建高码头村民委员会，隶属高码头乡人民政府管辖；1997年撤高码头乡、龙窝乡，合并为高龙乡，由高龙乡人民政府管辖，2011年高龙乡撤并于鹦鸽镇，由鹦鸽镇人民政府管辖至今。
2016年，村规模调整，原棉丝坝村、杨家河村与高码头村合并为新的高码头村，选举产生新的村委会。