宋时在小韩店之北设高望乡，统高望里、韩店里。
明时韩店里设在贞元街。
清乾隆十五年（1750年）分置韩店社仓为贞元镇，为武功十镇之一，辖75村。
民国二十二年（1933年），为武功县一区辖地，仍称贞元镇。
民国二十四年（1935年），废镇设贞东、贞西联保。
民国二十八年（1939年），并贞东、贞西联保为贞元联保，辖8保。
民国二十九年（1940年），改贞元联保为贞元乡，所辖区域未变。
解放前夕，废保、甲制，设贞元区、辖8乡86村。
1956年，设贞元乡，辖28个农业生产合作社。
1958年，成立火箭公社，同年11月，又复名贞元公社，辖5个管理区，28个生产大队。
1961年，并入代家公社，辖18个生产大队。
1968年，改名红卫公社。
1969年，恢复原名。
1984年，改贞元公社为贞元乡。
1998年，改设为贞元镇。