1942年8月属吴旗县吴旗镇乡；1949年10月属于志丹县吴旗镇乡；1950年4月属吴旗县吴旗镇乡；1956年3月属吴旗县吴旗镇乡；1958年11月成立吴旗镇人民公社南沟生产大队；1961年9月属吴旗县城关人民公社；1981年5月17日，隶属吴旗镇；1984年政社分设更名为南沟行政村，1988年更名为南沟村民委员会。
2005年隶属吴起镇。
根据陕民发〔2014〕53号文件撤销湫沟村，并入南沟村，村委会驻地南沟。
2014年经过镇村综合改革，隶属于吴起街道至今。