1940年保德县抗日民主政府在袁家庄成立，木瓜耳隶属扒楼沟区；1949年属扒楼沟三区，属新畦行政村管辖；1952年隶属张家沟行政村管辖；1954年成立村公所，隶属土门乡；1956年隶属新畦乡政府管辖；1959年属扒楼沟人民公社管辖，为管理区；1960年隶属化树塔人民公社，为管理区；1962年为木瓜耳生产大队，属化树塔公社；1984年社改乡，设木瓜耳村民委员会，隶属化树塔乡；2001年行政区划变更，随化树塔乡并入孙家沟乡。