据《禹贡》记载夏朝时侯马属冀州，称为新田。
西周初，新田属于并州唐国。
西周中期新田属于晋国。
春秋后期及战国初期，新田为晋国国都，历时209年，传位13代。
战国中后期属魏国绛县。
新田最早见于《左传》，秦代侯马叫绛县，为府级下辖郡。
东汉改称绛邑县。
北魏太和十一年（487）绛邑县废名，复称新田，属于正平郡曲沃县。
唐贞观初年（627）废郡置道，新田属河东道曲沃县。
五代时期属北汉曲沃县。
宋兴国四年（979），属河东道绛州曲沃县，宋至道三年（997）改属河东路绛州曲沃县。
元大德九年，所属河东南路改称晋宁路。
明洪武八年（1375）在此设有绛州金台驿。
因来往驿客在此宿舍驿馆，等候驿马，故改称为侯马，属山西省平阳府曲沃县历时269年。
清朝时期，属山西省平阳府曲沃县。
民国初期侯马属山西省河东道曲沃县，1930年废道，属山西省曲沃县。
1949年9月1日，侯马属山西省晋南区新绛分区曲沃县。
1950年侯马属山西临汾专署曲沃县。
1954年属于山西省晋南专区的曲沃县。
1956年10月国务院决定设立侯马市筹备处。
1957年12月侯马市筹备处取消，仍属曲沃县。
1958年8月国务院决定以曲沃县、新绛县和汾城县合并为侯马市。
1962年，侯马市撤销建制，仍属曲沃县。
1971年8月1日国务院批准恢复侯马市建制，属山西省临汾地区行政公署，与曲沃县分署办公至今。
2000年，撤销临汾行政公署和县级临汾市，设立地级临汾市，归临汾市管辖至今。