1961年设立马家庄生产大队；1984年撤销马家庄生产大队，设立马家庄村村民委员会。
1949年至1952年属平城区王家庄行政村的一个自然村，1953年至1955年属平城区（七区）原庄乡的一个自然村，1956年至1957年为平城基点原庄乡的一个自然村，1958年至1960年为秦家庄超英公社郭家沟管理区的自然村，1961年为秦家庄公社郭家沟大队的一个自然村，1962年至1983年为秦家庄公社马家庄大队，1984年至2000年为秦家庄乡马家庄村村民委员会，2001年撤乡设镇秦家庄乡建制未发生变化，至2020年为秦家庄乡马家庄村委会。
2021年辖区划调整后因秦家庄乡整体并入平城镇，现为平城镇马家庄村村民委员会。