1961年设立申家沟生产大队；1984年撤销申家沟生产大队，设立申家沟村村民委员会。
1949年至1952年为太和区郭家沟行政村的自然村，1953年至1955年为原太和区（二区）郭家沟乡的自然村，1956年为平城基点原庄乡的自然村，1958年至1960年为秦家庄超英公社郭家沟管理区的自然村，1961年为秦家庄公社郭家沟大队的自然村，1962年至1983年为秦家庄公社申家沟大队，1984年至2000年为秦家庄乡申家沟村村民委员会，2001年撤乡设镇秦家庄乡建制未发生变化，至2020年为秦家庄乡申家沟村委会。
2021年辖区划调整后因秦家庄乡整体并入平城镇，现为平城镇申家沟村村民委员会。