1962年偏关县设15个人民公社，南堡子生产大队隶属于南堡子公社。
1984年9月，偏关县撤销人民公社，建立乡镇人民政府，生产大队改为行政村，南堡子生产大队改名南堡子村民委员会。
2001年偏关县并为10个乡镇，南堡子村民委员会隶属于南堡子乡。
2020年5月，全县“并村简干”，撤销黑家庄村民委员会，并入南堡子村民委员会。
2021年1月，偏关县撤乡设镇，撤销南堡子乡和尚峪乡，合并设立尚峪镇，南堡子村民委员会隶属于尚峪镇。