1962年偏关县设15个人民公社,南沟生产大队隶属于南堡子公社。
1984年9月,偏关县撤销人民公社,建立乡镇人民政府,生产大队改为行政村,南沟生产大队改名南沟村民委员会。
2001年偏关县并为10个乡镇,南沟村民委员会隶属于南堡子乡。
2020年5月,全县“并村简干”,撤销车道坡村民委员会,并入南沟村民委员会。
2021年1月,偏关县撤乡设镇,撤销南堡子乡和尚峪乡,合并设立尚峪镇,南沟村民委员会隶属于尚峪镇。