薛店镇历史上曾属北垣。
1943年，北垣西部划归稷麓二区。
1947年属五区政府。
1948年10月，北垣划归闻喜。
1949年10月，五区属现畖底镇、薛店镇、阳隅乡，称为北垣四十八个村。
1949年为五区人民政府薛店行政村。
1953年，分属五区郝北、丰乐庄乡。
1954年，北垣八个乡合并为畖底、薛店两个乡。
1958年，属北垣公社。
1961年，北垣公社划分为畖底、阳隅、薛店三个公社，为薛店公社。
1984年，根据省政府（84）晋政函79号文批准设立薛店镇。