明清时期属西区九局。
民国时期属4区。
1927年全县分4区，马涧属于四区的一个主村。
1944年全县行政区划为6个行政区、24个治村，村下仍设闾，闾内设邻，马涧成为治村属六区。
1952年，增设第七区（张马），含马涧行政村。
1953年5月划乡，改行政村为乡建制，全县6个区改为7个区，辖71个行政村，划为65个乡，成为马涧乡。
1955年撤区，马涧乡直属县，全县划为62个乡。
1958年11月，乡宁县与吉县合并，称乡吉县。
1959年1月，增设宽井人民公社，辖马涧乡，3月，马涧乡改成马涧管理区。
1961年4月，乡宁、吉县分置，全县共有16个人民公社，成为谭坪人民公社马涧生产大队。
1984年7月，实行政社分开，建立乡（镇），成为谭坪乡马涧村民委员会。
2001年3月，撤并乡镇，谭坪乡、枣岭乡合并称枣岭乡，成为枣岭乡马涧村民委员会并沿用至今。
2019年12月湾里行政村并入马涧行政村，并沿用至今。