明洪武二年（1369年），堡底村隶属襄垣县长乐乡壁底（今北底）都壁底里所辖。
清宣统元年（1909年），堡底村隶属襄垣县堡底保所辖。
1922年堡底村隶属襄垣县第八编村所辖。
1937年堡底村隶属襄垣县一区土合编村所辖。
1953年堡底村隶属襄垣县土合乡所辖。
1956年堡底村隶属襄垣县土合乡所辖。
1958年堡底村隶属襄垣县城关人民公社所辖。
1961年堡底村隶属襄垣县北底人民公社所辖，称为堡底生产大队。
1984年堡底村隶属襄垣县北底乡所辖，称为堡底村村民委员会。
2020年3月，小堡底村并入堡底村，合并后拟定新村名为堡底村，新村委设在原堡底村，拟定新村驻地为原堡底村。
2021年3月行政区划调整，撤销善福乡、北底乡，合并设立善福镇，该村随之并入善福镇。