吴家堡唐属太原县，宋属平晋县，金大定29年（1189年）随断金乡13村入徐沟县，清道光六年（1826年）《太原县志》载中堡为吴家堡，属洛阳都，民国元年（1912年）属太原县东南区，七年（1918年）属太原三区，因以王姓为主改称南王家堡，二十七年（1938年）属清太徐抗日民主政府太三区，次年日伪称晋泉县南马乡王家堡（为乡驻地），三十四年（1945年）属太原县为治村，三十六年（1947年）太原县改晋源县属南马乡（为乡驻地），1948年7月18日属太原县人民政府三区，1949年更属晋源县为王家堡行政村，1951年属太原市第七区，与王家堡合成王吴乡。
1954年属小店区，1956年属西里解乡“五三”高级社，1958年属郊区刘家堡公社为王吴大队，1960年属柳巷公社为管理区，1970年属南郊区刘家堡公社，1984年5月9日撤社建乡，成立村委会。