清和民国时期隶属虞乡县。
1947年隶属永虞县五区。
1950年隶属虞乡县二区。
1953年隶属虞乡县二区平壕乡。
1954年隶属解虞县平壕乡。
1956年隶属解虞县孙常乡。
1958年并入运城县，隶属虞乡人民公社平壕管理区。
1961年划入永济县，设立南郭生产大队，隶属孙常人民公社。
1983年隶属郭李人民公社。
1984年9月，撤销南郭生产大队，设立南郭村民委员会，隶属郭李乡。
2001年隶属城东街道。
2020年3月16日，依据永政函[2020]5号，南郭沟村并入南郭村，新村名为南郭村。