1949年解放初属一区新庙乡。
1953年属一区西窑沟乡，称南元行政村。
1956年撤区划乡，属西窑沟乡，并建立农业生产合作社，称南元农业生产合作社。
1958年4月成立人民公社，属西窑沟人民公社，和五里台自然村，称南元大队。
1958年9月建立大人民公社，属长城人民公社（驻地右玉城）仍称大队。
1958年左云、右玉两县合并，属左云县长城人民公社（驻地右玉城）南元大队。
1961年分设右玉县，属右玉县城关人民公社，称大队。
1984年9月建立城关镇，同时成立南元村民委员会至今。
2001年撤乡并镇，隶属右卫镇，仍称南元村民委员会。