东晋永和三年（347年），为益昌县治所，县址设今联丰村境内观斗山。
唐调露年间，朝廷命花衡芝将军到此平叛。
永淳元年（682年），县址由安昌东岸（今联丰村“观斗山”）迁驻安昌河西岸，益昌县更名西昌县，驻江西馆，花衡芝即受封为西昌侯。
北宋熙宁五年（1072年），拆县建镇，设西昌镇，属龙安县（今安县）。
1958年，与文星、黄土、界牌、先林等乡合并为红旗公社。
1984年11月，文星、先林2公社合并为花荄镇。
2016年4月，国务院下发《国务院关于同意四川省调整绵阳市部分行政区划的批复》：同意撤销安县，设立绵阳市安州区，以原安县的行政区域为安州区的行政区域，花荄镇改属安州区。
2019年12月，经四川省人民政府同意，撤销兴仁乡，将其所属行政区域划归花荄镇管辖。