解放后，设立水磨沟行政村。
1960年5月，巴塘县全面开展人民公社化运动；同年9月，设立水磨沟生产大队管理委员会，简称水磨沟生产大队、水磨沟大队。
1966年5月，我国“文化大革命”开始，1972年5月，更名为水磨沟生产大队革命委员会。
从1978年11月党的十一届三中全会开始，对我国“文化大革命”的错误进行拨乱反正；1981年6月，复名水磨沟生产大队管理委员会。
1983年10月，我国实行政社分设；1984年7月，撤销水磨沟生产大队管理委员会，选举产生水磨沟村民委员会，简称水磨沟村委会。