1951年，属巴中县兴隆乡管辖。
1958年，设立凤凰庙管理区，又称第一管区。
1962年，更名为凤凰庙生产大队，简称凤凰庙大队，又称一大队。
1969年，更名为凤凰庙大队革命委员会。
1981年，复名凤凰庙生产大队。
1984年，全国实行政社分设，撤销凤凰庙生产大队，设立凤凰庙村村民委员会，简称凤凰庙村村委会。
1993年，属巴中市（县级）兴隆场乡管辖。
2000年，属巴中市巴州区兴隆场乡管辖。
2013年，属巴中市恩阳区兴隆场乡管辖。
2016年，属巴中市恩阳区兴隆镇管辖。
2020年，村级建制调整，将龙顶村5组、金鸭村1组、凤凰庙村2、3、4、5组合并，设凤凰庙村。