1951年，属巴中县尹家乡管辖。
1958年，设立水磨坝管理区，又称第四管区。
1962年，更名为水磨坝生产大队，简称水磨坝大队，又称四大队。
1969年，更名为水磨坝大队革命委员会。
1981年，复名水磨坝生产大队。
1984年，全国实行政社分设，撤销水磨坝生产大队，设立水磨坝村村民委员会，简称水磨坝村村委会。
1993年，属巴中市（县级）尹家乡管辖。
2000年，属巴中市巴州区尹家乡管辖。
2013年，属巴中市恩阳区尹家乡管辖。
2017年2月，撤乡设镇，属尹家镇管辖，沿用至今。