明末清初有苟氏家族，兴旺发达，在此建立庙宇，以姓氏命名为苟院寺。
1958年8月，我国全面开展人民公社化运动；同年9月，设立苟院寺生产大队管理委员会，简称苟院寺生产大队、苟院寺大队。
1968年9月，更名为苟院寺大队革命委员会。
1981年6月，复名苟院寺生产大队管理委员会。
1984年4月，我国实行政社分设，撤销苟院寺生产大队管理委员会，设立苟院寺村村民委员会，简称苟院寺村村委会。
1987年，将苟院寺村从来龙乡划归酒店乡管辖。
1993年以前归达县地区巴中县管辖，1993年7月5日，设立巴中地区，巴中撤县建市，属巴中市酒店乡管辖。
1993年8月31日，撤区并乡建镇，属巴中市渔溪镇管辖。
1998年，恢复酒店乡，属巴中市酒店乡管辖。
2000年6月14日，设巴州区，属巴中市巴州区酒店乡管辖。
2005年3月25日，撤乡并镇，属巴中市巴州区渔溪镇管辖。
2013年1月18日，设恩阳区，属巴中市恩阳区渔溪镇管辖，沿用至今。