1950年建中子乡，设小屯村。
1958年转斗乡并入后成立中子人民公社，小屯村更名为小屯大队。
1961年分出原转斗乡境成立转斗人民公社。
1984年中子人民公社更名为中子乡，中子人民公社小屯大队更名为中子乡小屯村，同时设立中子乡小屯村村民委员会，境域未变。
1992年撤乡建镇，中子乡与转斗乡合并成立中子镇，中子乡小屯村村民委员会更名为中子镇小屯村村民委员会。
1995年原转斗乡从中子镇析出复置转斗乡，小屯村隶属中子镇，此后境域一直未变。
2020年5月南垭村与小屯村合并为小屯村，撤销南垭村村民委员会，设立小屯村村民委员会，隶属隶属中子镇。