西汉时期，属绵虒县。
东汉光武帝时期，绵虒县改道。
三国时期，属蜀国。
北周天和三年（568年），属汶川县，是瓦寺土司属地，辖花红树、洞口、脚（觉）木三寨，置总管。
民国二十四年（1935年），编保1，与耿达2保称卧龙联保。
民国二十九年（1940年），改卧龙乡。
民国三十一年（1942年），第三区署会由三江镇迁驻此，乡公所迁驻耿达桥，后分为二乡，更名飞龙乡，乡公所驻卧龙关；后第三区署迁驻三江口，更名卧龙乡。
1949年，置乡。
1950年，迁驻花红树，属三江区。
1958年，乡改公社。
1959年，撤三江区，属漩口区。
1962年，属映秀区。
1980年，置卧龙乡。
1983年3月，卧龙保护区内汶川县卧龙、耿达2公社划为汶川县卧龙特别行政区，实行林业部、四川省双重领导体制，由四川省林业厅代管。
1984年，卧龙公社改卧龙乡。
1990年，卧龙乡改卧龙镇。