解放前为复兴乡万年村，1950年11月撤销复兴乡成立净水、麻子、天今和龙门四个乡，属净水乡万年村；1955年11月净水、麻子2个乡合并为净水乡，称万年村；1958年10月净水乡并入峨山人民公社，改称万年大队；1959年7月从峨山公社分出为净水人民公社万年大队；1968年9月改为万年大队革命委员会；1980年10月改称净水公社万年大队管理委员会；1984年恢复乡建制为净水乡万年村村民委员会；1992年9月撤乡并镇为峨山镇万年村村民委员会；1997年4月原天景乡、净水乡从峨山镇分出成立黄湾乡，为黄湾乡万年村村民委员会；2020年村级建制调整为黄湾镇万年村村民委员会至今。