飞龙观街市形成于清雍正年间，清康熙年间，境域属洪合乡上南路，清康熙二年（1663年），属洪合乡上南路。
清嘉庆年间，属飞龙团。
清乾隆二十二年（1757）颁布保甲法，境域内为飞龙观保和兴隆场保。
清乾隆二十三年（1758年），属飞龙观保。
清嘉庆后，又改为团，分别为飞龙团和兴隆团。
民国二十三年（1934），将飞龙团、兴隆团、郅安团合并为飞龙镇，次年隶属第3区。
镇乡正式成为一级基层行政机关。
民国二十九年（1940年），改乡公所。
1950年，行政区划作重大调整，境域设有飞龙、兴隆、安隆乡，均属12区管辖。
1955年12月，三乡部分合并为飞龙乡。
1958年政社合一，并调整区划，兴隆、安隆乡分别划给赵化公社和飞龙公社。
1961年，又分设兴隆公社。
1981年，兴隆公社更名新农公社。
1983年底，为新农乡。
1984年，改公社为乡，境域有飞龙乡和新农乡。
2001年4月，撤区并乡建镇，飞龙乡与新农乡合并建飞龙镇，直属富顺县。