童寺镇驻地位于富顺县城东南部，距县城27公里。
清朝初年，因庙宇龙凤庵由一童姓改建，为纪念他，取名童家寺。
清乾隆二十二年（1757）为富顺县东城乡下东路童家寺保。
中华民国元年（1912）置童寺团，民国二十三年（1934）改团为乡。
次年全县设6个区署属第2区，1950年，分为童寺、邓湾、老寨、德馨4乡。
民国三十一年（1942）改属第3指导区；1950年，经过对旧政权的改造，行政区划作重大调整，全县划为16区，童寺乡属15区。
1955年，析童寺、清平、邓湾、德馨4乡置宗元乡。
1955年11月，县、区、乡（镇）调整，设童寺区，所辖童寺乡。
1958年10月，区划重大调整，撤销童寺区，设童寺人民公社归代寺区管辖。
1961年恢复童寺区建制，所辖童寺人民公社，1983年，童寺公社改为童寺乡。
1988年撤乡建镇。
2001年，撤童寺区建制，芝溪乡并入童寺镇。
2019年8月，撤销宝庆乡，将其所属行政区域划归童寺镇管辖。