清朝时期，五宪镇境域属清化乡茅豆坝。
民国二十四年（1935年），属南区上下茅豆坝。
民国二十五年（1936年），属五显联保。
民国二十九年（1940年），属五显乡第6、7、8保。
民国三十四年（1945年）6月，五显乡更名五宪乡。
1956年1月，石滓乡太平村（热溪沟村）划归五宪乡。
1958年，乡改公社。
1983年，公社改乡。
2019年12月11日，撤销五宪乡和附城乡，设立五宪镇，以原五宪乡和原附城乡南村坝村、烟溪沟村所属行政区域为五宪镇的行政区域。