北朝西魏置蒲亭县，属陵州。
隋开皇十一年（591），废蒲亭置井研县，属隆山郡。
北宋咸平四年（1001），始建县并入。
元至元二十年（1283），并入仁寿县，隶属成都路。
明洪武六年（1373），恢复井研县。
清顺治初归资州，属成都府。
1913年，井研县属下川南道。
1914年，改属永宁道。
1935年，属第二行政督察区。
1950年，划归川南行署乐山专区。
1968年，属乐山地区。
1985年5月，撤销乐山地区改置为地级乐山市，井研县隶属乐山市。