雍正七年筑城于古扶州城南的南坪坝（即今县城所在地），始称南坪，为松潘县厅南坪营。
民国初为松潘县的分县，1936年改为松潘县第二区。
1949年解放，解放初仍为松潘县第二区，1953年建南坪县，1959年并入松潘县为中心区，1963年复置南坪县。
1997年12月15日，民政部（民行批[1997]27号）批复同意南坪县更名为九寨沟县；1998年2月13日四川省人民政府（川府民政[1998]2号）批复同意更名。