以原嘉绒藏族十八土司中梭磨、松岗、卓克基、党坝四个土司属地为雏形建立而来，亦称“四土地区”。
近年文化考古工作发现距今约5000多年的沙尔宗哈休遗址，是四川省目前已发现年代最早的新石器时期地方文化类型。
元朝顺帝至二年（1336年），设宣政院，建立土司制。
清乾隆年间两次征“金川之役”（1747-1771年），曾长时间驻兵于“四土”。
梭磨土司因随征大小金川有功，1775年受宣慰司印信号纸。
1950年12月，茂县专署派工作团到四土地区，成立四土和绰斯甲临时军政委员会。
1951年8月，人民解放军进驻“四土”，宣布“四土”地区和平解放。
1953年4月，经政务院批复，成立“四川省藏族自治区马尔康办事处”（相当县级），是为马尔康县之始。
1956年4月，经国务院批复，设置四川省阿坝藏族自治州马尔康县，驻地马尔康镇。
2015年11月4日，国务院撤销马尔康县，设立县级马尔康市。
市区马尔康镇是阿坝藏族羌族自治州政府驻地，是阿坝州政治、文化、金融、商贸、信息中心。
马尔康市是中国工农红军长征经过的地方，1935年，红军长征经过马尔康时，曾在市内驻留一年余，并在马尔康市境内建立了十三个乡苏维埃政权。
中国工农红军长征途中，毛泽东、朱德、周恩来、张闻天等领导曾在卓克基土司官寨中留宿一周。
2010年9月，四川省人民政府以（川府函〔2010〕177号）文认定马尔康为革命老区县。
2015年12月经民政部同意，撤销马尔康县设立县级马尔康市，已原马尔康县的行政区域为马尔康市的行政区域。